En la Copa
América 1987, la blanquirroja no pasó de la primera
fase tras empatar por
marcador de 1:1 ante Argentina y Ecuador. En la Copa
América 1989,
nuevamente fue eliminada en la primera
fase tras conseguir
tres empates (0:0 ante Brasil, 1:1 ante Venezuela y 1:1 ante Colombia y una derrota (5:2 ante Paraguay). En las eliminatorias para la Copa Mundial de
Fútbol de 1990,
integró el grupo 1 junto con Bolivia y Uruguay, disputó 4 encuentros y finalizó en
el último lugar de su grupo tras no haber conseguido ningún punto, sólo
anotando 2 goles y recibiendo 8 en contra.
En la Copa América 1993 se vio una breve recuperación del combinado peruano, ocupando el primer lugar de su grupo tras una victoria y dos empates, aunque fue eliminado en los cuartos de final al ser derrotado 4:2 por México. José Guillermo del Solar sería con tres anotaciones el goleador de la selección. En 1993, durante el proceso eliminatorio para la Copa Mundial de Fútbol de 1994, formó parte del grupo A junto con las selecciones de Argentina, Colombia y Paraguay. En dicho proceso sólo obtuvo un punto al empatar de local 2:2 en la última fecha con el equipo paraguayo. En la Copa América 1995 nuevamente fue eliminada en la primera fase con un empate y dos derrotas, mientras que en la Copa América 1997 ocupó el segundo lugar de su grupo y en los cuartos de final derrotó 2:1 a Argentina.
En la XXXIX edición de la Copa América, la última del siglo XX, el combinado peruano ocupó el segundo lugar en su grupo tras vencer a Japón y Bolivia, y avanzaría a los cuartos de final, siendo eliminado por México 4:2 en tanda de penales. En las eliminatorias para la Copa Mundial de Fútbol de 2002, intentó sin éxito mejorar su rendimiento de la eliminatoria anterior, quedando en octavo lugar con 16 puntos, producto de cuatro victorias, cuatro empates y diez derrotas. En el año 2004, el Perú fue sede de la Copa América que a la postre ganaría Brasil. En la primera fase, el equipo local venció 3:1 a Venezuela y empató 2:2 con Bolivia y con Colombia. Finalmente la rojiblanca fue eliminada del torneo al caer 1:0 ante Argentina gracias a una anotación de tiro libre de Carlos Tévez. En las eliminatorias para la Copa Mundial de Fútbol de 2006, no consiguió el objetivo de clasificar al Mundial bajo la tutela de los técnicos Paulo Autuori y luego Freddy Ternero y ocupó el penúltimo lugar con tan sólo 18 puntos, superando únicamente a Bolivia.
Perú compartió el grupo A con Venezuela, Uruguay y Bolivia en la Copa América 2007 organizada por los venezolanos.Franco Navarro había abandonado el cargo por malos resultados, y todo indicaba que Juan Carlos Oblitas sería el nuevo director técnico peruano, sin embargo al final fue elegido Julio César Uribe. El combinado peruano inició su participación con una sorpresiva victoria por 3:0 sobre Uruguay en la ciudad de Mérida, luego se trasladaron a la ciudad de San Cristóbal para enfrentar a los locales, siendo derrotados por 2:0, mientras que en su último encuentro empataron 2:2 ante Bolivia, consiguiendo de esta manera su pase a los cuartos de final, donde fueron eliminados por Argentina por marcador de 4:0.
En la Copa América 1993 se vio una breve recuperación del combinado peruano, ocupando el primer lugar de su grupo tras una victoria y dos empates, aunque fue eliminado en los cuartos de final al ser derrotado 4:2 por México. José Guillermo del Solar sería con tres anotaciones el goleador de la selección. En 1993, durante el proceso eliminatorio para la Copa Mundial de Fútbol de 1994, formó parte del grupo A junto con las selecciones de Argentina, Colombia y Paraguay. En dicho proceso sólo obtuvo un punto al empatar de local 2:2 en la última fecha con el equipo paraguayo. En la Copa América 1995 nuevamente fue eliminada en la primera fase con un empate y dos derrotas, mientras que en la Copa América 1997 ocupó el segundo lugar de su grupo y en los cuartos de final derrotó 2:1 a Argentina.
En la XXXIX edición de la Copa América, la última del siglo XX, el combinado peruano ocupó el segundo lugar en su grupo tras vencer a Japón y Bolivia, y avanzaría a los cuartos de final, siendo eliminado por México 4:2 en tanda de penales. En las eliminatorias para la Copa Mundial de Fútbol de 2002, intentó sin éxito mejorar su rendimiento de la eliminatoria anterior, quedando en octavo lugar con 16 puntos, producto de cuatro victorias, cuatro empates y diez derrotas. En el año 2004, el Perú fue sede de la Copa América que a la postre ganaría Brasil. En la primera fase, el equipo local venció 3:1 a Venezuela y empató 2:2 con Bolivia y con Colombia. Finalmente la rojiblanca fue eliminada del torneo al caer 1:0 ante Argentina gracias a una anotación de tiro libre de Carlos Tévez. En las eliminatorias para la Copa Mundial de Fútbol de 2006, no consiguió el objetivo de clasificar al Mundial bajo la tutela de los técnicos Paulo Autuori y luego Freddy Ternero y ocupó el penúltimo lugar con tan sólo 18 puntos, superando únicamente a Bolivia.
Perú compartió el grupo A con Venezuela, Uruguay y Bolivia en la Copa América 2007 organizada por los venezolanos.Franco Navarro había abandonado el cargo por malos resultados, y todo indicaba que Juan Carlos Oblitas sería el nuevo director técnico peruano, sin embargo al final fue elegido Julio César Uribe. El combinado peruano inició su participación con una sorpresiva victoria por 3:0 sobre Uruguay en la ciudad de Mérida, luego se trasladaron a la ciudad de San Cristóbal para enfrentar a los locales, siendo derrotados por 2:0, mientras que en su último encuentro empataron 2:2 ante Bolivia, consiguiendo de esta manera su pase a los cuartos de final, donde fueron eliminados por Argentina por marcador de 4:0.